Arduino Uno ve Arduino Mega Modelleri ile yapacağınız çalışmalarda, hem devreyi bilgisayar ortamında simüle ederek gözlemlemek; hem de arduinoya erişim imkanınız olmayan durumlarda çalışma yapabilmek için gerekli ayarları yaparak; Proteus ortamında simülasyon yapabilirsiniz.
1) Gerekli dosyayı indiriniz = > TIKLA !
2) İndirdiğiniz dosyayı açınız.
3) Belirtilen dosyayı sürükleyerek dışarı çıkarınız.
4) Dışarı çıkardığınız dosyayı C:\ProgramData\Labcenter Electronics\Proteus 8 Professional\LIBRARY klasörüne taşıyınız.
5) Artık Proteus’u açınca, P tuşuna basarak kütühaneden Arduino Uno’yu çağırabilirsiniz.
6) Şekildeki gibi örnek bir devre kurunuz.
7) ÖRNEK DEVREYİ KURDUK ANCAK DEVREYİ ÇALIŞTIRABİLMEMİZ İÇİN HEX DOSYASI LAZIMDIR ! Proteus’u simge durumuna küçülterek aşağıdaki adımları izleyiniz.
8) Arduino Programını açarak yukarıdaki devreye uygun bir LED yakıp söndürme programı yazınız.
9) Arduino programı üzerinde File menüsü altından Preferences seçeneğini tıklayınız.
10) Açılan yerde aşağıda gösterilen kutucukları tikleyiniz.
11) Bu ayar penceresini kapatarak Verify butonunu tıklayınız. 
12) Verify işlemi bitince programın altında aşağıdaki gibi sonu .hex ile biten bir adres belirir.
Bu adresi mouse ile seçerek kopyalayınız.
13) Proteus’u açarak Arduino’ya 2 kez tıklayınız. Karşınıza aşağıdaki gibi bir pencere gelir.
Bir önceki adımda kopyaladığınız adresi, KIRMIZI ile belirtilen yere YAPIŞTIRINIZ.
14) OK diyerek bu pencereden çıkınız. ARTIK DEVRENİZ ÇALIŞMAYA HAZIRDIR !
Farklı devreler kurarak ve farklı programlar yazarak arduino ile proteus üzerinde artık istediğiniz gibi çalışabilirsiniz.